在《达尔文的黑匣子》一书，贝希教授不仅讨论了细菌鞭毛，还列举了细菌纤毛、细胞内运输、免疫系统、合成核苷酸等几十个例子，让许多进化论者穷于应对。
譬如说：
一、血液凝固系统
血液凝固系统是一个串级系统：一个部件激活另一个部件，这个部件再激活第三个部件，依次类推，这样一个连环扣系统毫无疑问具有不可约化的复杂性。
在这种环环相扣中，任何一个环节出了问题，整个系统就坍塌了。
血液凝固系统就是这样一个由纤维蛋白原、凝血酶、凝血素等等蛋白质组成的自我催化琏。而激活司徒因子（一种凝血蛋白）的又是两条不同的串级途径。除此之外，整个系统还需要一个停止机制，以免全身的血液都被凝固。这个完成血凝块的形成、限制、加强和去除的是一整套完整的生物系统，各部件之间配合到如此的丝丝入扣，以至于任何一个环节的问题都会给人体造成极有可能致命的疾病。——这些零件能单独形成吗？
按照基因突变速率，据估计，其中一个蛋白（TPA）产生的几率是1/10的18次幂，至少需要100亿年才能发生。如果同时进化出和它相互作用的蛋白，几率就是1/10的36次幂。
“血液凝固系统”由进化而来的可能，在概率上根本就不存在。
二、细胞内运输系统
生物细胞内大部分的蛋白质都是在细胞核内生产出来，再被分送到各自需要的地方去。这就需要一个象邮政投递系统那样的运输系统，这必须包括这些功能：
货物被标上正确的地址；
运输器正确地识别地址并把货物装载上正确的交通车；
当交通车到了目的地时它必须知道；
以及货物被下载。
单就运输部分而言，细胞内参与其中的就包括细胞核、DNA、RNA、细胞质、SRP（信号识别颗粒）等等若干复杂的亚细胞结构。
而下载的方式通常还有三种：
门输运、
类似的膜间输运、
以及更复杂一些的囊输运。
门输运和类似的膜间输运至少需要三个部件：标志号、扫描器、以及由扫描器控制的门。
而囊输运则需要六个部件：车上的标志号、装载车的卡车、卡车上的扫描器、卡车上的标志号、仓库的扫描器、以及可控仓库大门。
用生物语言，这对应于mannose-6-phosphate、the clathrin vesicle（甘露糖-6-磷酸网格蛋白泡）中的M6P接受器、ｖ－SNARE、ｔ－SNARE、（v-SNARE——突触囊泡蛋白，t-SNARE——突触前膜上的靶蛋白）以及SNAP/NS蛋白质（SNAP是可溶性NSF附着蛋白。NSF是N-乙基马来酰亚胺敏感因子）等。
仔细分析这样一个环环相扣的系统，也难以使人相信这是由一些新、旧（曲线进化）部件偶然碰在一起产生的。
三、免疫系统
免疫系统是如此的重要，且功能完美，以至吸引了全世界上千的实验室进行研究。
贝希在书中描述了三个方面：无性选择、抗体多样性、以及辅助系统。
即使在简化的无性选择机制中，至少也需要这样三种部件：膜固定形态抗体、信使、以及输出形态抗体。
而且使得抗体上亿种的多样性成为可能的DNA断裂和重组机制也至少需要三类部件：基因本身、基因段起始和终了的信号、以及识别这种信号的分子生物机制。
最后，对抗体标志好的入侵者完成捕杀工作的辅助系统又是一个串级系统，所有这些都显然具有不可约化的复杂性。
细胞生物学层次上的比较免疫学帮不上什么忙，因为除了没有深入到分子生物的层次以外，这种比较学的研究本质上只提供分类，而不是如何起源的证据。
四、核苷酸合成系统
前面三个例子是明显具有不可约化复杂性的系统，渐进进化的困难也是非常明显的。
贝希下面给了一个，乍一看似乎可以用“渐进进化”解释的例子。然而，仔细考察合成的细节就会发现，问题远不是那么简单。
这就是“合成核苷酸”的反应：
DNA有四种核苷酸基本结构单位，分别称作A 、C 、G 、T 。A 在和聚合物联结以前，可以有几种形态，包括AMP、ADP、ATP。单是AMP的合成就需要十三个步骤，十二种酶。除了作为基础的ribose－5－phosphpate（5-磷酸核糖）外，还需要5分子的ATP提供能源，一分子的GTP，一分子的二氧化碳，两分子的谷氨胺……
而且，在这十三个步骤中，从第三到第十一步产生的所有中间化合物，除了合成 AMP 或 GMP 以外，都没有别的用处。
在没有套上具体的化合物以前，Horowitz（霍洛维茨）于1945年发表的“Ａ→Ｂ→Ｃ→Ｄ”理论颇具说服力。
他的理论说，最初是直接用D的，后来D快用完了，于是能够利用C→D的物种竞争生存下来；Ｃ快用完了时，能够利用Ｂ→Ｃ→Ｄ的生存下来；依次类推，就形成了现在的Ａ→Ｂ→Ｃ→Ｄ。
但这是在没有应用到具体的化合反应以前的空想，当把具体的化合物套进去的时候，一大堆问题出来了。
比方说，几乎每个中间步骤都需要酶的精心控制；一些中间化合物不稳定……等等。这就同样回到了开头那种“需要精心控制反应条件与自然界随机的不可控制条件”之间的矛盾。
五、眼睛瞳孔结构
贝希所举的另一个例证，是人的眼睛在各种外界条件下的自我调整。
实验证明，人眼的瞳孔有如照相机快门，无论在阳光照耀下或在黑夜里，都能让足量的光线进入眼球，水晶体表面能自动改变光密度，调整色差等等。
这些复杂的机制，连那些自认为熟识眼睛结构的人都惊叹不已。
只是从进化论的角度来解释整个眼睛的解剖结构，是远远不够的。
被达尔文认为如此简单的每一个解剖的步骤和结构，实际上包含着用语言文字难以表达的极为复杂的生化过程。
不论能接受光子作用的细胞与不能接受光子作用的细胞的差别，在达尔文看来是多么“微小”，但在贝希看来却是巨大的——因为接受光子作用的亚细胞结构，是一个具有不可约化复杂性的“分子生化系统”。
达尔文的“自然选择”，显然对此无能为力。
有幸率先看到细胞内部精细结构的贝希教授，用许多无可辩驳的事实告诉世界：
达尔文的进化论是虚浮的，是靠模糊的想象推导出来的。
——进化论即使在常规自然科学的范围，也远不是关于生命起源的最好解释，存在着许多不可逾越的鸿沟。
在旧达尔文主义者看来似乎可以分解成许多步骤的变化，在基因水平上现在必须一蹴而就。而问题是：
你可以跨越一个8英尺宽的沟，但跨越15英尺就让人怀疑。从一个旧物种到一个新物种之间的距离却是100英尺，当达尔文告诉人们，可以分几次跨越过去的时候，人们发现，在这100英尺下面什么也没有！
面对分子水平的毁灭性分析，面对处处断裂，无声反驳的化石链（包括可怕的寒武纪生物大爆炸），许多新达尔文主义者扬弃了达尔文的渐进主张，开始鼓吹激进的“大突变”！
认为不知为什么，不知缘于怎样一种机制，在某一时刻，无数基因会莫名其妙一起突变：只需“嘎嘣”一下，进化过程就完成了，真是神奇到了无以复加，可笑到了极点！
实际上，“大突变”是达尔文曾经深思熟虑，并断然予以拒绝的一种魔术进化论。他说：
“如果我的自然选择论必项借重这种突然进化的过程才能说得通，我将弃之如粪土……如果在任何一个步骤中，需要加上神奇的进步，那自然选择论就不值分文了”。
事实上，进化论的解释，不是由科学的观测事实，而是由“没有上帝”的前提推导而来。
达尔文主义与其说是一种科学，毋宁说是一种哲学。它不外乎是“无神论”的科学包装，利用了基督教人士不知道怎样去证明鬼神存在的致命弱点。
弗朗西斯·培根说得好：“肤浅的哲学使人沦为无神论，而深刻的哲学则把人导向宗教。”
贝希教授所举事例包括了真核生物，意在说明生命自生与进化理论的难以置信。
追本溯源，原核生物的简单，只是相对真核生物而言。从分子层面、化学层面观察，一个最普通的蓝细菌，已经复杂到难以表述。
可惜中国的中学课本对此语焉不详、含糊模棱，一般大学生物学教材内容庞杂，对这部分也是一笔带过、基本忽略。
要真正明确这一点，唯有深入研究生物化学。
翻开清华大学王希成先生编著的《生物化学》，我们可以看到DNA的复制、RNA的合成、蛋白质的合成、核苷酸的代谢、氨基酸的代谢、脂代谢、细胞膜的结构，基因调控等等是何等的繁琐复杂，令人眼花缭乱，心惊神骇。
其中许多生化反应都是原核生物与真核生物所共有的（微生物和多细胞生物，在细胞的化学组成、结构、代谢途径上有着惊人的相似性），完全可以指明某些科学家所谓“生命可以自行合成的假说”是怎样的不近情理。
如果把这些证据一一复制给大家，则最少需要上百页。
而且这也仅仅是细胞工厂中，时时刻刻正在进行着的化学反应的一部分而已。用王先生自己的话说：
“大多数细胞都能进行成百上千个反应，面对这样繁多的反应，如何去描述呢？
本书不可能每一个反应都涉及到，而是主要讨论糖、脂、氨基酸、核苷酸、核酸和蛋白质等生物大分子的代谢反应。”
——仅仅这一部分，王先生就花了四百九十页篇幅！
从物质的分解再加上鞭毛这样一个器官，已经可以使人对最初生命的复杂程度印象深刻。
我们再举一个光合作用的例子吧。
如果一个人无视极多证据，硬要相信生命是自发组织而成、演化而来，我们也没有办法。